Embora a proposta de criação do museu tenha sido aprovada na 102ª reunião do Conselho Universitário, realizada no dia 21 de setembro de 1984, o Museu Universitário PUCPR só foi inaugurado no dia 18 de fevereiro de 1994. Para sua sede foi escolhida a edificação mais antiga do atual câmpus, que abrigara até 1955 o Jockey Clube do Paraná - Tribuna do Hipódromo do Guabirotuba, inaugurado em 1899, depois de criado o Clube de Corridas Paranaenses, no chamado Prado Jacome. Inspirado no Hipódromo de Long-Champs de Paris, o edifício tem a primeira marquise de concreto armado em balanço, em Curitiba, construida no início de 1927. Próximo ao local, foi realizado o pouso do primeiro avião de Curitiba, em 1912. O edifício foi considerado pela Prefeitura Municipal de Curitiba como UIP - Unidade de Interesse Patrimonial.

O Museu Universitário foi criado com o objetivo principal de promover a integração científica e cultural de todos os setores da Universidade com vistas à universalização do saber. Contudo, prevaleceu a vocação artística. Afinal, a significativa maioria de suas ações foi direcionada a exposições de artes plásticas e realização do Salão Nacional de Arte Religiosa, iniciativa anterior à fundação da instituição museal. Além da restauração do edifício e do portal do Velho Prado, foi construída uma concha acústica, a fim de possibilitar o aproveitamento da arquibancada existente como local para apresentações artística e palestras.