Desde a sua criação, o acervo do Museu Heinz Ebert está em contínua ampliação e readaptação, recebendo ininterruptas doações. Atualmente o Museu é estruturado em quatro módulos distintos e não contínuos:

Salão de Exposição: compreende uma área de 140 m² , com um total de 5.600 amostras de minerais e rochas, mas com possibilidades atuais de exposição de outras centenas de amostras.

Saguões de Exposição: compreende os saguões de circulação do térreo e 1º andar. Atualmente, conta com 9 expositores verticais em madeira, antigos e parcialmente recuperados, com capacidade para 360 amostras de minerais e rochas.

Litoteca: compreende um prédio de 140 m², inaugurado em 06/12/92, com mais de 25.000 amostras, das mais diferentes regiões geológicas e geográficas do país. A exemplo do Museu, tem recebido uma grande quantidade de material dos trabalhos de formatura e projetos departamentais. Essas amostras são catalogadas e arquivadas e têm sido freqüentemente utilizadas em novas pesquisas de Iniciação Científica, Mestrado, Doutorado e mesmo de Pós-Doutorado.Laboratório Didático-Científico: uma sala com 60 m², com cerca de 15.000 amostras de minerais rochas e minérios e 1.500 modelos cristalográficos e termodinâmicos em madeira para atender, entre outros, as aulas teóricas e práticas das disciplinas Mineralogia, Petrologia e Geologia Econômica.

 O acervo do Museu é constituído pelas seguintes coleções:

Científicas - minerais avulsos (4.449 espécimes, das quais, 300 são gemas), rochas metamórficas (622 espécimes), rochas ígneas (698 espécimes); rochas sedimentares (369 espécimes), coleção de lâminas delgadas ( 9.000); coleção de seção polida ( 1.000) e coleção de rochas Rosembuch (200 espécimes laminados), rochas depositadas na litoteca, oriundas de Trabalhos de Formatura e projetos interdepartamentais ( 25.000 espécimes).

Didáticas - minerais (168 conjuntos 3.500 amostras), rochas (338 conjuntos 10.000 amostras), minérios (75 jazidas 1.500 amostras), lâminas delgadas (2860 unidades), amostra da coleção Ward’s (250 amostras), modelos cristalográficos (163 conjuntos 1.500 unidades), modelos termodinâmicos ( 100 unidades), pó de minerais (26 vidros), líquido de imersão (10 conjuntos de 10 vidros). Cabe ressaltar que as coleções didáticas necessitam de contínua reposição e que uma pequena parte do acervo, os espécimes mais representativos, estão expostos no Salão ou Saguões de Exposição.