O Museu da APM foi implantado em abril de 2000 e inaugurado em 18 de outubro de 2002. Sob a curadoria de 12 anos do Prof. Dr. Jorge Michalany (1916-2012), que doou grande parte de seu acervo, o museu tem como objetivo expor suas obras,resguardando a memória da história da Medicina, no apoio à pesquisa e à difusão cultural. Desde a sua fundação, o acervo vem sendo ampliado e, recebendo importantes doações de médicos, hospitais e empresas, entre outros, forma um expressivo acervo bibliográfico de peças e obras de inestimável valor histórico. Hoje, conta com um acervo de cerca de mil peças, tais como documentos, livros raros, equipamentos cirúrgicos, louças com representações de eventos médicos, bustos, estatuetas de grandes nomes da Medicina e da Ciência, medalhas e fotografias, entre outros. Além disso, também expõe painéis que contam a história da Medicina e de instituições médicas.