Desde a inauguração, o Museu do Futebol é administrado pela Organização Social de Cultura IDBrasil Cultura, Educação e Esporte (antigo Instituto da Arte do Futebol Brasileiro – IFB), entidade privada sem fins lucrativos que presta serviço público de interesse da comunidade. Parte dos recursos disponibilizados para a administração do Museu do Futebol provém do Estado e parte provém de captações realizadas pela própria entidade (ingressos, locações, patrocínios etc.). Trata-se de um modelo de gestão de equipamentos culturais vigente no Estado de São Paulo desde 2005 e que tem mostrado resultados positivos. Além de garantir a qualidade no atendimento ao público, as organizações sociais vêm oxigenando as ações do Estado na área da cultura e garantindo uma bem-sucedida parceria entre poder público e sociedade civil organizada.A OS tem a função de manter os equipamentos e os instrumentos necessários para a realização dos serviços contratados, bem como a integridade física da edificação ocupada pelo Museu. Também se compromete em gerar ações e conteúdos coerentes com as especificações da instituição que administra, ao mesmo tempo em que os divulga buscando atingir e dar acesso ao maior número possível de pessoas.