Em agosto de 2006 o diretor do Instituto de Artes da Unicamp, José Roberto Zan, solicitou a inclusão do Museu Universitário de Arte/Unicamp no Cadastro Nacional de Museus, do Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN), tomando por base o acervo da galeria de arte do Instituto de Artes, composto então de mais de 600 peças, entre pinturas, esculturas, objetos, gravuras e desenhos. Esta iniciativa visava possibilitar a captação de recursos por meio da Lei Rouanet para reforma e ampliação da área física da atual galeria, que ocupa 330,00 m² em edifício tombado pelo poder público (Prédio da Biblioteca Central César Lattes da Unicamp), sendo 220,00 m² reservados à sala de exposição. Almejava-se assim a melhoria das condições de conservação (reserva técnica) e apresentação do acervo. Buscava-se ainda, com este gesto, dar o primeiro passo para a transformação institucional da galeria em museu, o que possibilitaria a ampliação de seu corpo de funcionários e a implementação de uma política consistente de aquisições. Em maio de 2008, a professora Sara Pereira Lopes, então diretora do Instituto de Artes, assinou o termo de adesão ao Sistema Brasileiro de Museus – do Ministério da Cultura. Em setembro desse mesmo ano, consultou a Reitoria sobre a possibilidade de a galeria/museu ser transferida à responsabilidade da Universidade.

Em abril de 2009, dando prosseguimento a essas ações inaugurais, o Reitor da Unicamp, José Tadeu Jorge, designa um primeiro grupo de trabalho para analisar a proposta de criação do Museu de Artes e propor os fundamentos do projeto. Este grupo, presidido pelo professor Eduardo Guimarães, assessor especial do Reitor, era composto por docentes de diferentes unidades da Universidade – Claudia Valladão de Mattos, Flávio Ribeiro de Oliveira, Jorge Coli, Leandro Medrano, Marco do Valle, Marcos Tognon, Maria de Fátima Morethy Couto, Olga Von Simson -, bem como pela arquivista Neire do Rossio Martins, do SIARQ. Em março de 2010, este grupo encerrou suas atividades ao elaborar texto que apresentava as principais metas para implantação do museu.

Outra ação de suma importância neste processo foi a doação, sugerida pela Direção do Instituto de Artes e aprovada pela Congregação do Instituto em reunião de 1º de outubro de 2009, de todo o acervo da galeria, que somava então cerca de 1.000 obras, para a Reitoria da Universidade. Visava-se, com isto, que a Reitoria gerenciasse todo o processo de criação do Museu, pensando-se agora na construção de uma sede própria. Em abril de 2010, o Reitor da Unicamp, Fernando Costa, assinou portaria instituindo uma comissão para este fim.