A instituição visa preservar e divulgar as obras do pintor, escultor, decorador, cenógrafo, desenhista e professor norueguês radicado no Brasil, Alfredo Andersen, além de promover novos praticantes ao mundo das artes através de cursos e seminários.
O MAA na condição de museu para valorizar, conservar e expor ao público o legado do artista foi criado no ano de 1979, porém a história da instituição começou apenas cinco anos após o falecimento de Alfredo Andersen. Em 3 de novembro 1940, pessoas do convívio do artista criaram a “Sociedade de Amigos” com o intuito de dar continuidade aos ideais do norueguês, além de criar uma condição de preservar suas obras

Em 1947, com a ajuda do deputado estadual Rivadávia Vargas, deu-se o início de uma proposta de lei estadual para transformar esta "sociedade", de âmbito particular, em uma instituição ligada ao Estado. Somente em 1959 foi aprovada a lei que instituiu a “Casa de Alfredo Andersen (CAA) - Escola e Museu de Arte”, sob os cuidados do governo estadual. Passados mais vinte anos, 1979, a CAA passou a ter a atual denominação: “Museu Alfredo Andersen”.