O Museu Histórico tem como objetivo a pesquisa, a preservação e a divulgação da história das ciências e da saúde, especialmente do Instituto Butantan. Em conjunto com o Museu Biológico e o Museu de Microbiologia, o Museu Histórico está comprometido com a responsabilidade social de ampliação do acesso aos acervos institucionais, atendimento e fortalecimento da relação com o público visitante dentro de um processo contínuo de renovação e formação crítica.

Criado em 1981, foi instalado na cocheira adaptada para abrigar o laboratório onde Vital Brazil havia desenvolvido e entregue às autoridades sanitárias as primeiras ampolas de soros antipestosos.

A exposição, com cerca de 280 m², apresenta parte do piso e parede originais, e objetos dos laboratórios de pesquisa e da produção do Instituto Butantan.

O Museu Histórico também realiza exposições temporárias em parceria com laboratórios do Instituto Butantan e outras instituições sobre temas relacionados à história da ciência e da saúde.

As atividades educativas relacionadas à exposição de longa duração são realizadas cotidianamente.