Criado pelo Decreto nº 33.980, de 19/11/1958, foi denominado Museu Histórico e Pedagógico Fernão Dias Paes para complementar a rede de museus de mesma natureza no interior do Estado de São Paulo. Em 1959, já ocupava uma sala da atual Escola Estadual Dr. Carlos Sampaio Filho, já esteve guardado ou instalado em muitas residências e até no antigo prédio da Prefeitura Municipal de Penápolis de 1996 a 2002, quando foi transferido para um prédio adaptado ao lado, com graves problemas na sua cobertura, colocando em risco seu rico acervo. Em 2005, foi transferido para uma residência alugada, próxima 100m do antigo local, onde apenas 10% de seu acervo encontra-se à disposição do público.

O acervo do museu foi adquirido através de doações da população. Possui objetos, documentos, fotografias referentes aos índios kaingang e dos primeiros colonizadores/imigrantes datados do séc. XIX. Já do séc. XX, dispõe de objetos da Estrada de Ferro Noroeste do Brasil, da cultura do café, dos imigrantes, da participação dos penapolenses na Revolução de 1932, da história política, social, desenvolvimento industrial e comercial até os dias de hoje. Na hemeroteca possui jornais da cidade desde 1910. Recentemente, recebemos alguns artefatos arqueológicos da região, datados de aproximadamente 1.000 anos que pertenceram aos índios ancestrais dos kaingangs. Com relação aos imigrantes, temos ainda o recadastramento de aproximadamente 3.000 famílias, ocorrido entre as décadas de 1930 e 1940, disponíveis num banco de dados eletrônico.