O museu foi criado oficialmente no ano de 1959, com a finalidade de constituir o patrimônio histórico e cultural do município. Em 1972, houve alteração do nome e objetivos e passou a chamar-se Museu Histórico e Pedagógico Municipal e destinou-se também ao culto do espisódio da Inconfidência Mineira, notadamente de Tomaz Antônio Gonzaga e o poema Marília de Dirceu, que inspirou o nome da cidade. Em 1996, passou a chamar-se Museu Histórico e Pedagógico Embaixador Hélio Antônio Scarabôtollo e, no ano de 1976, foi celebrado convênio com a Unesp para abrigar o museu, o que ocorreu somente em 2000.

Doações de famílias de pioneiros, da família do patrono do museu, peças que representam os usos e costumes dos primeiros habitantes, inclusive os naturais, índios coroados. Grande parte do acervo foi recebido em regime de comodato, oriundo da Unesp, através do termo de convênio C4L717. Com as campanhas de doação na mídia, foram adquiridas várias peças de famílias. O acervo é composto por arte sacra, indumentária, numismática, mobiliário, maquinário, acervo do patrono, utensílios domésticos, escolares, hospitalares, etc.