A história do Museu Nossa Senhora Aparecida tem pouco mais de 56 anos. Foi inaugurado em 8 de setembro de 1956, com benção do Cardeal Dom Carlos Carmelo de Vasconcelos Motta, primeiro Arcebispo de Aparecida.Toda a sua coleção foi reunida pela professora Conceição Borges Ribeiro a partir de coleta de objetos pela região, com destaque para as peças indígenas.O primeiro local de funcionamento foi o prédio das Oficinas Gráficas de Arte Sacra de Aparecida.

Mais tarde, o museu foi transferido para a Galeria do Hotel Recreio, onde permaneceu até a mudança definitiva para a Torre do Santuário, onde foi inaugurado em 12 de outubro de 1967, passando a ocupar o 2º andar.Em sua primeira versão o museu reunia um acervo diversificado, como seções de arte popular, numismática, selos religiosos, mineralogia, peças que pertenceram a Titulares do Império, entre outras.Nos seus cinquenta e seis anos de atividade, o Museu pautou sua atuação pela recepção permanente de público à sua exposição central fixa, tendo também realizado eventos comemorativos e destaques expositivos temporários ligados a efemérides.

A instituição também já empreendeu programa de recepção de escolas em visitas monitoradas ao acervo.