Na década de 1940, a Cia. Imobiliária Morumby efetivou o loteamento de suas últimas glebas. Fazia parte deste loteamento a antiga casa-sede da fazenda e, em sua proximidade, uma edificação em ruínas de taipa de pilão.São várias as interpretações históricas atribuídas a estas ruínas: ora como sendo uma capela consagrada a São Sebastião dos Escravos, ora como capela acompanhada de sepulturas destinada aos proprietários da fazenda. Outros estudiosos acreditam ainda que tenham sido apenas ruínas de um paiol. A ausência de documentação mais detalhada não permite afirmar com segurança qual dessas hipóteses é a mais correta. Visando atrair compradores e valorizar ainda mais os terrenos, a Cia. Imobiliária Morumby contratou o escritório do arquiteto Gregori Warchavchik para fazer a reconstrução das ruínas de taipa de pilão. Interpretando-as como remanescentes de uma antiga capela, Warchavchik completou a edificação com alvenaria de tijolos. Convidou a pintora Lúcia Suanê que, em afresco, representou a cena do batismo de Cristo e os anjos com fisionomias de índios, nas paredes do batistério.A Capela do Morumbi ficou fechada até por volta de 1975 e continuou sendo propriedade da Cia. Imobiliária Morumby. Nesta época, a empresa transferiu para o município parte dos terrenos remanescentes do loteamento que havia feito e junto com eles a Capela. A partir de então, o imóvel passou à responsabilidade direta do Departamento do Patrimônio Histórico como bem arquitetônico e cultural, sob os cuidados da recém-criada Secretaria Municipal de Cultura.Em 1979 o imóvel foi submetido a obras de revitalização e adaptação, quando foram construídos os sanitários e a copa. Sua nave central foi convertida em sala de espetáculos para a realização de atividades culturais de pequeno porte. Foi aberta à visitação pública em 25 de janeiro de 1980. Durante essa década, a Capela do Morumbi abrigou atividades culturais, tais como: exposições fotográficas, concertos musicais e exposições de artes plásticas. Desde 1991 este espaço é destinado a exposições de arte contemporânea, privilegiando seu uso como espaço para a realização de instalações artísticas.