Fundado em 2004, o Museu Afro Brasil se tornou uma instituição administrada pela Associação Museu Afro Brasil, qualificada como OSCIP - Organização da Sociedade Civil de Interesse Público, em 18 de outubro de 2005.Em 2009, a Associação Museu Afro Brasil qualificou-se como Organização Social de Cultura e assumiu a gestão do Museu Afro Brasil, agora instituição pública pertencente ao Governo do Estado de São Paulo, para execução da política cultural através da Secretaria de Estado da Cultura, de acordo com as diretrizes da Unidade de Preservação do Patrimônio Museológico (UPPM), recebendo recursos do governo estadual através do Contrato de Gestão nº 037/2009, com vigência até 20/06/2013.Para que a Associação Museu Afro Brasil fosse constituída como entidade privada de caráter público, na forma de OSC, o Curador Emanoel Araujo doou mais de 2000 obras para o Estado de São Paulo, assim como foram doados cerca de 2000 títulos de livros da Associação para a Biblioteca Maria Carolina de Jesus.