Em 1972 foi criado na Faculdade de Ciências e Tecnologia da UNESP, Campus de Presidente Prudente um Museu Etnográfico, que passou a amealhar artesanato indígena, sobretudo brasileiro, com o objetivo de colocá-lo à mostra para a comunidade, através de exposições monitoradas. Em 1981, após a criação da UNESP, o museu foi transformado em Laboratório de Estudos Antropológicos, porém mantendo a função de museu. Em 1983 foi criado o Laboratório de Estudos Arqueológicos, quando foi estruturada uma equipe de arqueologia na Faculdade e tiveram início os projetos arqueológicos. Em 1991, ambos os acervos foram concentrados num espaço sob a caixa de água da Unidade, de 298 m2, formando uma exposição permanente e uma reserva técnica que, desde então, vem sendo objeto de pesquisa, de curadoria e de extensão. No ano de 2001 foi criado o CEMAARQ (Centro de Museologia, Antropologia e Arqueologia) , de caráter interdepartamental, resultante da fusão dos dois laboratórios.

Hoje, o CEMAARQ conta com aproximadamente 2.500 peças de artesanato indígena, bem como de outras procedências, obtidas através de doações, aquisições e disponibilização de coleções em comodato. Possui um acervo de, aproximadamente, 98.000 artefatos de pedra lascada, polida, cerâmicas e material malacológico, resultantes das pesquisas de campo, correspondente a duas populações diferenciadas, uma que teria vivido na região há aproximadamente 7.000 anos antes do presente, de coletores/caçadores que confeccionavam a pedra lascada, e outra, mais recente (aproximadamente 1.000 anos atrás) , que confeccionava artefatos de pedras polidas e de cerâmica, materiais estes que o CEMAARQ mantém sob sua guarda para pesquisa, manutenção e exposição.