O Museu Histórico Padre José Gaertner foi fundado em 1981, em decorrência do represamento do Rio Paraná, para a formação do lago artificial da Usina Hidroelétrica de Itaipu. Com esta mudança no leito original do rio, perderam-se muitos aspectos históricos do Município de Marechal Cândido Rondon, exceto aqueles resgatados por moradores da região, que cederam para a constituição do Museu; além daqueles que são preservados em suas residências.

O Museu Histórico Padre José Gaertner foi criado em 1981 e inaugurado em 10/06/1984. Sua criação se deu a partir da necessidade de abrigar peças remanescentes do antigo Porto Mendes Gonçalves, construído por volta de 1900, pela Cia. Mate Laranjeira, com objetivo de auxiliar no escoamento da erva-mate e madeira, extraídas na região e enviadas para a Argentina, pelo Rio Paraná.
O Museu possui aproximadamente 1.158 objetos, entre elas alguns artefatos indígenas, objetos da história do antigo Porto Mendes Gonçalves (início do século XX) e da colonização do município de Marechal Cândido Rondon e região.