Tombado pelo IPHAN, o imóvel, de origem seiscentista, que abriga o Museu Casa do Anhangüera foi descoberto por Luiz Saia em 1944, restaurado com a participação do arquiteto Lúcio Costa em 1958 e transformado em museu em 1962. A análise do que restou de sua arquitetura sugere, para além de suas características de casa bandeirista em situação urbana, ter sido propriedade de pessoa de destaque.

O acervo do museu é composto por objetos adquiridos através de doações feitas por moradores do município e de aquisições feitas pelo Fundo de Apoio à Cultura e ao Turismo / Prefeitura Municipal de Santana de Parnaíba.