O Museu Dom João VI da Escola de Belas Artes/UFRJ tem sua história iniciada no século XIX. Após um século da fundação da Academia, em 1937, o acervo foi dividido com o Museu Nacional de Belas Artes (MNBA), pois em 1937 (também ano de criação do Serviço de Patrimônio Histórico e Artístico Nacional) a enorme coleção foi desmembrada. A maior parte ficou no MNBA e a outra parte, voltada ao ensino e, portanto, mais didática, foi distribuída entre as salas e os ateliês da Escola Nacional de Belas Artes (ENBA). As duas instituições, no entanto, ocupavam o mesmo prédio: o MNBA na parte da frente, voltada para a avenida Rio Branco, e a ENBA a sua parte posterior, na esquina das ruas Araújo Porto-Alegre e México.A Escola permaneceu nesse local até 1975, quando, já incorporada à Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e com o nome de Escola de Belas Artes (EBA) adquirido em 1971, foi transferida para o campus da Ilha do Fundão (Ilha da Cidade Universitária), passando a ocupar alguns andares do prédio da Faculdade de Arquitetura e Urbanismo (FAU). No novo endereço as obras continuaram distribuídas pelas diversas salas e pelos ateliês. Em 1979, preocupado com a sua conservação, o então diretor da Escola, Prof. Almir Paredes Cunha, resolveu reuni-las, criando, assim, um Museu, ao qual a Congregação deu o nome de Museu D. João VI por sugestão do Professor Armando Sócrates Schnoor. O Museu localizou-se no segundo andar do Prédio da FAU e foi organizado em sua museografia pela professora Ecyla Castanheira Brandão sendo o seu mobiliário expositivo desenhado pelo professor Almir Gouvêa Gadelha. A partir desse momento sua finalidade era a de preservar a memória do ensino artístico oficial e de fomentar o estudo e a pesquisa da História da Arte Brasileira. Ele veio responder à necessidade da criação de um espaço institucional de preservação do patrimônio e memória do ensino de arte, reunindo obras da produção da Academia Imperial de Belas Artes, da ENBA e parte da história recente da EBA/UFRJ.Em 2004 a professora Sonia Gomes Pereira elaborou o Projeto Memória da Arte Brasileira dos Séculos XIX e XX: revitalização do Museu D. João VI da EBA/UFRJ que foi apresentado a PETROBRAS Cultural. O projeto foi aprovado no MINC, na rubrica da Lei Rouanet, e o contrato de patrocínio assinado em julho de 2005 entre a PETROBRAS e a Fundação Universitária José Bonifácio. Estavam previstas três ações básicas no Museu: 1) a expansão do Banco de Dados Informatizados e a disponibilização do catálogo do acervo em site on line, 2) a higienização e a conservação do acervo e 3) a modernização da Reserva Técnica.Com esse apoio foi possível a realização das metas iniciais. Em abril de 2006 foi decidido pela Congregação da EBA a adesão à proposta de integração das bibliotecas da EBA, FAU e IPPUR no espaço onde funcionava o Museu D. João VI e sua conseqüente mudança para o sétimo andar (local da antiga Biblioteca da EBA).Atualmente o Museu D. João VI agrega um acervo de 800 gravuras, 837 desenhos, 65 desenhos arquitetônicos, 480 pinturas, 560 esculturas, 595 diplomas de premiação, 253 porcelanas, 167 fotografias, 47 obras têxteis, 22 móveis, nove vitrais e 4.928 moedas/medalhas, compreendendo duas coleções distintas a Coleção Didática e a Coleção Ferreira das Neves.O Museu D. João VI cumpre o papel importante de preservar a memória da Escola de Belas Artes e também de possibilitar a pesquisa sobre a arte e o ensino artístico para todos que têm interesse sobre a história da Instituição.