O nome escolhido, Alferes Belisário, é uma homenagem ao cidadão paraguaçuense José Belisário Rodrigues da Cunha, que defendeu o Brasil na Guerra do Paraguai de 1864 a 1870. O Museu foi aberto ao público no dia 14/04/1979, funcionando no prédio das antigas instalações da Cadeia Pública, situado à Rua Nestor Eustáquio, 5. Por diversos motivos, o Museu permaneceu fechado por muitos anos. Em 05/06/2001, foi criado o Conselho Municipal do Patrimônio Histórico e Cultural que reabriu o Museu em 24/08/2002, no atual endereço: Praça João Eustáquio da Costa, 173, residência construída em 1902.

Os bens culturais que deram origem ao acervo deste museu foram doados pela comissão organizadora formada por um grupo de paraguaçuenses idealistas e idôneos, interessados em resgatar e preservar a história da cidade. Com o passar dos anos, após a reabertura em 2002, o acervo cresceu consideravelmente devido à doação de peças, documentos e fotografias pela própria comunidade. Hoje o acervo é composto pela mais variada tipologia: consultório dentário, máquinas de costura, máquinas de escrever, máquinas fotgráficas, de calcular, utilidades domésticas, peças agropecuárias, objetos sacros, vestidos, instrumentos musicais e aparelhos de telefonia.