O Museu de História e Ciências Naturais foi fundado em 21 de agosto de 1993, por um grupo de estudantes preocupados em preservar e resgatar a memória histórica de Além Paraíba e região. Os trabalhos de pesquisa tiveram início após a descoberta de ossadas encontradas em Além Paraíba e em poder de alguns cidadãos. As ossadas foram identificadas pelo paleontólogo Dr. Sérgio Alex Azevedo, do Museu Nacional – Rio de Janeiro/RJ – como sendo de baleias, datando sem datação de carbono 14, com aproximadamente 30.000 anos. Hoje as ossadas integram o acervo do Museu.

Foram descobertos cemitérios de escravos, o mausoléu construído pelo Marquês do Paraná e fazendas centenárias. Outros projetos fazem parte do trabalho de pesquisa do Museu, como a história da Estrada de Ferro Leopoldina, da cidade de Além Paraíba e a do Cineasta Humberto Mauro. Motivo de orgulho para a equipe de pesquisadores foi o lançamento do Selo Comemorativo aos 500 Anos do Descobrimento do Brasil, na Casa de Cultura Professor José Ruy da Cunha Moreira em 1999, e a promoção em 2001, em conjunto com a Secretaria do Audiovisual do Ministério da Cultura, a projeção dos Filmes em 16mm da I Mostra de Curtas e Documentários do Ministério da Cultura – “O Cinema dos Brasileiros”, que até agora é o maior público do Brasil na Mostra com 5.323 espectadores entre os dias 03 e 20 de maio.

O acervo do Museu encontra-se dividido da seguinte forma: Paleontologia, Arqueologia, Astronomia, Biologia, Arquivo Histórico, História de Além Paraíba, Numismática, Filatelia, Geologia, Climatologia, Cinemateca e Biblioteca. Atualmente o acervo é composto por mais de 4.500 peças, que se encontram devidamente catalogadas, em uma sede cedida pela Secretaria de Cultura, Esporte, Lazer e Turismo da Prefeitura Municipal de Além Paraíba, em um dos armazéns da Estação Ferroviária de Porto Novo. Administra em sua sede também o acervo do Arquivo Histórico Municipal e preserva os Arquivos da FUNCAP (Fundação Cultural de Além Paraíba) composto por jornais e fotos antigas da cidade.

Desde 2005 existe em sua sede um Telecentro Comunitário, projeto realizado em conjunto com a Fundação Banco do Brasil, onde a comunidade de um modo geral tem acesso gratuito à internet, conta com uma sala de projeção de filmes do Projeto Ponto de Exibição Audiovisual Mais Cultura Cinema do Ministério da Cultura/Secretaria do Audiovisual, com 39 lugares.

O Museu desta forma, vem tentando preservar o pouco da história que ainda se encontra e ser um fomentador da cultura local e regional. Conta para isso com uma equipe de pesquisadores coordenados pelo prof. André Martins Borges, que desde a sua fundação é o Diretor do Museu. Em 2004 o trabalho desenvolvido pelo Museu foi reconhecido pela Secretaria de Cultura, com o Troféu Arte e Cultura. Em 2014, o Diretor André Martins Borges recebeu a Comenda do Mérito Mercadante "Em reconhecimento a seus relevantes serviços prestados ao Município de Além Paraíba e ao engrandecimento de sua gente, fatos que o fazem merecedor da mais importante honraria conferida pelo Poder Legislativo Alemparaibano."

A partir de 2005 o Museu vem desenvolvendo importantes projetos na área cultura no interior do Estado de Minas Gerais na Zona da Mata Mineira, tendo até o ano de 2014 realizado 15 projetos culturais, aprovados em diversos editais de fomento à cultura, entre eles: Lei Federal de Incentivo à Cultura (Lei Rouanet), Fundo Estadual de Cultura de Minas Gerais, Lei Estadual de Incentivo à Cultura - Minas Gerais, Ministério da Cultura, Banco do Brasil entre outros.

Em 2009 foi declarado pelo Ministério da Cultura como Ponto de Cultura – Ponto de Cultura Estação Digital - projeto realizado em parceria com a Secretaria de Cultura do Estado de Minas Gerais entre os anos de 2010 e 2014. Foram realizadas atividades de audiovisual, teatro e quadrinhos com alunos de escolas públicas através de oficinas gratuitas. Alguns dos trabalhos realizados foram reconhecidos em diversas instâncias recebendo prêmios e sendo selecionado para apresentar os resultados de seu trabalho no Encontro Nacional de Pontos de Cultura que aconteceu em 2014 na cidade de Natal/RN.

Durante o decorrer do ano de 2014, a entidade realizou diversas oficinas audiovisuais que resultaram na realização no mês de novembro daquele ano no I Festival de Curtas da cidade de Além Paraíba. Neste mesmo ano, a entidade foi selecionada pelo programa Filme em Minas para um projeto de preservação do audiovisual mineiro, com a preservação e distribuição do filme “A Noiva da Cidade” do cineasta Alex Viany uma homenagem dos amigos ao cineasta mineiro e pai do cinema brasileiro Humberto Mauro, que inclusive assina o roteiro.

Em 2015, o Departamento de Museus do Ministério da Cultura premiou a entidade pelos relevantes trabalhos desenvolvidos nos últimos anos em prol da preservação da memória histórica da Zona da Mata Mineira e recebeu o título de Ponto de Memória. Ainda em 2015, a entidade iniciou a ampliação de sua área com a incorporação do antigo CEFEC – Centro Ferroviário de Cultura de Porto Novo – e a reforma de parte da Estação Ferroviária de Porto Novo, a partir da seleção de projeto junto ao Conselho Federal de Direitos Difusos do Ministério da Justiça. A previsão é que tudo esteja pronto até abril de 2016, com um museu renovado, ampliado, e ainda a renovação e retorno de uma biblioteca aberta para a comunidade.