O Museu de Farmácia Professor Lucas Marques do Amaral foi criado em 1972 pelo professor Lucas Marques do Amaral, quando o mesmo era diretor da Faculdade de Farmácia e Bioquímica da Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF) . O intento desta instituição é ser um espaço para investigações e pesquisa sobre o ensino e aprendizado dos saberes específicos farmacêuticos e das ciências correlatas, sem perder o caráter lúdico e curioso com o qual procura despertar o público, voltando-se não só aos profissionais da Farmácia, Química e Medicina, mas à comunidade onde está inserido.

O acervo do Museu de Farmácia Professor Lucas Marques do Amaral foi iniciado com a restauração de aparelhos em desuso do curso farmacêutico, o primeiro curso superior instituído em Juiz de Fora em 1904. A criação do museu data de 1972, quando o primeiro diretor da Faculdade de Farmácia e Bioquímica, Professor Lucas Marques do Amaral, além do acervo acima citado, reuniu doações de profissionais e alunos do curso. Os esforços do homem, através dos séculos, para recuperar a saúde empregando medicamentos, constituem um patrimônio cultural da humanidade e, portanto, é mister preservar sua memória. Muitos objetos relacionados a tal fato foram preservados por suas qualidades estéticas, como os antigos potes de porcelana pintada ou frascos de cristal gravados a ouro, que são exibidos nas coleções de arte decorativa de museus em todo o mundo.

Outros instrumentos relacionados à preservação dos medicamentos não possuem o mesmo apelo estético, mas são expressivos no que se refere à Farmácia e ciências afins e são preservados, em todos os países, por museus especializados como é o caso deste museu.