Inaugurado em 1991. Através do seu acervo, que possui aproximadamente 1200 exemplares, é possível acompanhar a evolução do homem e de sua tecnologia desde o surgimento da sua espécie. Faz parte do Núcleo Acadêmico Beato Arnaldo Jansen, onde também se encontra o Museu Etnológico, cujo acervo conta com 1500 peças de material indígena pré-histórico e atual, e das culturas africana e brasileira.

Vale a pena também conhecer o Teatro da Academia, que impressiona por sua beleza e estilo, cuja pintura mural clássica homenageia os grandes mestres gregos, os artesãos de Pompéia e os conquistadores romanos.