Localizado no pavimento superior da Igreja do Bomfim, acima da sala de milagres, o Museu Rubem Freire de Carvalho Tourinho, conhecido simplesmente como Museu dos Ex-votos, possui um acervo diversificado, que vai da camisa do jogar Edmundo, do Vasco da Gama, aos “milagritos” de prata e ouro, passando pelos tradicionais e históricos ex-votos pictóricos dos séculos XVIII e XIX. Há também ofertas de pessoas à igreja, que não se configuram como objetos ex-votos. Encontra-se também um rico, embora pequeno, acervo de alfaias. É corriqueiro, pela administração do museu, o “escoamento” dos ex-votos da sala de milagres para o acervo museal.