O Museu dos Capuchinhos do Rio Grande do Sul teve início em 1980, por iniciativa de quatro estudantes de teologia - Arlindo Itacir Battistel, Agemir Bavaresco, Wilson Dallagnol e  Celso Bordignon (atual diretor) - entusiasmados pela convivência com Frei Rovílio Costa, grande pesquisador da história da Ordem. Os estudantes tinham o objetivo de organizar um museu que preservasse os acervos da Província,  jogados em porões, sótãos, sacristias e bibliotecas desativadas, principalmente após a onda de reformas e revitalizações dos espaços sacros resultantes das mudanças propostas pelo Concílio do Vaticano II. Para Frei Rovílio Costa, quando se monta um Museu é porque a memória já está se perdendo, fala lembrada até hoje por Frei Celso Bordignon.

Em 30 de abril de 1980, o então Ministro Provincial Carlos Albino Zagonel enviou uma correspondência aos confrades da Província do Rio Grande do Sul, comunicando o início das atividades do Museu e convidando os frades para colaborarem com a coleta.       Um livro de registro já havia sido aberto em 25 de março de 1980 e em seu termo de abertura constava o nome “Museu Antropológico-religioso Efrém de Bellevaux”. Até o ano de 1985, 777 peças haviam sido coletadas, quando o acervo foi levado para o Seminário São José,  na cidade de Veranópolis.

Esse período foi marcado pela falta de cuidados com a coleção, uma vez que os freis envolvidos com o Museu dispersaram-se para estudar em outros locais. Não houve manutenção e conservação dos objetos, o Seminário também não dispunha de segurança ou monitoramento adequado, de modo que muitas peças desapareceram ou tiveram o processo de degradação acelerado.

Em 1993 o Museu dos Capuchinhos do Rio Grande do Sul foi aprovado pelo XVI Capítulo Provincial, tendo seu nome reduzido da derivação original. Ficou decidido que o Museu teria como sede parte da edificação que abrigou a Editora São Miguel, no bairro Rio Branco em Caxias do Sul.

Dois anos mais tarde, entre 1997 e 1998, iniciaram-se as reformas da edificação. O projeto arquitetônico do Museu foi feito pelo Arquiteto Jaime Boff a partir das necessidades apontadas por Frei Celso Bordignon. Em 06 de dezembro de 2000, o Museu foi aberto ao público, com o objetivo de preservar e divulgar a memória, o trabalho e a fé da ordem capuchinha gaúcha.

O projeto museológico foi planejado e executado por Frei Celso, nomeado efetivamente como diretor do Museu. Nesse trabalho ressalta-se o importante apoio dado pelo Museu Histórico Municipal de Caxias do Sul, na pessoa de Juventino Dál Bó, que colaborou ativamente com informações, processos e metodologias mais adequadas às necessidades do acervo.

Em 2012 o Museu passou por uma reestruturação museológica, tendo como base norteadoras o Plano Museológico e um Planejamento Plurianual de Atividades. Para isso foi contratada uma equipe de profissionais com formação específica em diversas áreas de atuação, como a museologia, a história e a conservação e o restauro. O Museu conta também com colaboradores externos, para atuação em projetos pontuais, das áreas de arquitetura, cenografia, jornalismo, educação e artes visuais.