Filho de imigrantes alemães, trabalha inicialmente como caixeiro-viajante e depois como litógrafo. Em 1879, viaja por conta própria para Hamburgo, na Alemanha, e estuda no Liceu de Artes e Ofícios. Posteriormente, segue para Karlsruhe, cursa a Escola de Belas Artes de Baden, onde é aluno de Ferdinand Keller (1842 - 1922), Theodor Poeckh (1839 - 1921) e Ernst Hildebrandt. No início dos anos 1880, viaja para Paris, estuda com Tony Robert-Fleury (1837 - 1911) e William-Adolphe Bouguereau (1825 - 1905), com quem permanece por três anos. Bouguereau solicita ao imperadordom Pedro II (1825 - 1891) uma bolsa para que o jovem possa continuar seus estudos na Europa. Em 1886, Weingartner passa a residir em Roma, onde permanece por longo período. Viaja constantemente ao Brasil e participa de diversas exposições. Realiza mostra individual no Rio de Janeiro, em 1888, com paisagens e cenas de gênero, que são muito elogiadas pelos críticos brasileiros. De volta ao Brasil, em 1891, torna-se professor da cadeira de desenho figurado na Escola Nacional de Belas Artes - Enba, no Rio e Janeiro. Realiza diversas viagens ao sul do país, e explora temas regionais, que se tornam freqüentes em sua produção. Viaja novamente para a Itália, entre 1896 e 1902, e posteriormente, entre 1911 e 1920, realizando constantes viagens ao Brasil. Passa a dedicar-se também à técnica daágua-forte, da qual é um dos precursores no país.

Realizou, entre outras, as seguintes exposições individuais: 1878 – Loja Rosa e Irmão, Porto Alegre, RS. 1888, 89 – Rio de Janeiro. 1900 – São Paulo, SP. 1910 – Liceu de Artes e Ofícios, São Paulo. 1911 – Rio de Janeiro. 1913 – Casa Luiz Voelcker, Porto Alegre. 1922 – Rio de Janeiro. 1924 – Clube Caixeral, Porto Alegre. 1925 – Galeria Jorge e Casa Jamardo, Porto Alegre. Participou, entre outras, das seguintes exposições coletivas: 1881 – Exposição Brasileiro-Alemã, Porto Alegre. 1884 – 26ª Exposição Geral de Belas Artes, Academia Imperial de Belas Artes, Rio de Janeiro. 1890 – Exposição Geral de Belas Artes, Escola Nacional de Belas Artes, Rio de Janeiro. 1891 – Salão de Paris, Paris. 1900 – Exposição Universal de Paris, Paris. 1901 – Exposição Comercial e Industrial de Porto Alegre, Escola de Engenharia, Porto Alegre, medalha de ouro. 1911 – Primeira Exposição Brasileira de Belas Artes, Liceu de Artes e Ofícios, São Paulo. 1922 – 1ª Exposição Geral de Belas Artes, Palácio das Indústrias, São Paulo. Seus trabalhos estiveram presentes, postumamente, entre outras, nas seguintes exposições: 1940 – Exposição Retrospectiva: obras dos grandes mestres da pintura e seus discípulos, São Paulo. 1950 – Um Século de Pintura Brasileira: 1850-1950, Museu Nacional de Belas Artes, Rio de Janeiro. 1961 – Arte Rio Grandense: do passado ao presente, Instituto de Belas Artes, Porto Alegre. 1984 – Gravuras: uma trajetória no tempo, Cambona Centro de Arte, Porto Alegre. 1992 – Natureza: quatro séculos de arte no Brasil, Centro Cultural Banco do Brasil, Rio de Janeiro. 2000 – De Frans Post a Eliseu Visconti: acervo Museu Nacional de Belas Artes – RJ, Museu de Arte do Rio Grande do Sul, Porto Alegre. 2001 – 30 Mestres da Pintura no Brasil, no Museu de Arte de São Paulo, São Paulo. 2008 – Pedro Weingärtner: Obra Gráfica, Museu de Arte do Rio Grande do Sul, Porto Alegre.