O primeiro museu da história da inquisição no Brasil tem o objetivo de contar à sociedade a história da Inquisição Ibero-Brasileira, omitida em nossos livros, bem como a influência dos cristãos-novos como colonizadores e participantes na formação do povo brasileiro, oferecendo seu vasto material para estudo, pesquisa e consulta, para todos aqueles que desejarem enriquecer seus conhecimentos, e como recurso educacional, turístico e de inclusão social. O Museu tem o compromisso sociocultural, moral, cultural, artístico e histórico com a discussão e o combate a qualquer forma de intolerância, principalmente religiosa, como também à exclusão social, procurando ressaltar valores e o respeito à dignidade humana.