O Museu Histórico do Amapá Joaquim Caetano da Silva foi criado pelo Decreto nº 112 de 16/11/1990, sendo determinada como sua sede o prédio secular da antiga Intendência de Macapá.O nome do Museu é uma homenagem ao médico e diplomata gaúcho Joaquim Caetano da Silva, autor da obra L’Oyapoc et L’Amazone (1861), de fundamental importância na elaboração da defesa apresentada pelo Barão do Rio Branco (que definiu os direitos do Brasil na questão de limites com a França, em 1900).No Museu há valiosas informações da História, Antropologia e Arqueologia do Amapá. Encontramos acervo cerâmico (oriundos da coleta de peças nos sítios arqueológicos e doações), achados que nos fazem entender um pouco da civilização Cunani e Maracá.As pesquisas arqueológicas no Amapá ocorrem desde a segunda metade do século XIX. Dessa época pioneira são os trabalhos de Ferreira Pena, Lima Guedes e Emílio Goeldi, esse último descobrindo as belas peças do poço Cunani, em 1895.Encontramos também fotografias raras e históricas, objetos pessoais de personalidades públicas (como Cabralzinho e Janari Nunes), documentos impressos, manuscritos e moedas. Os restos mortais do diplomata e historiador Joaquim Caetano da Silva, que dá nome ao Museu, também estão no local.