O Museu foi idealizado pelo escritor e jornalista Felipe Assumpção Certum no ano de 2000. Resgatando o acervo deixado pelos seus ascendentes, o escritor tratou de reunir objetos, móveis e utensílios, vestuário, documentos, etc. Assim, criou no antigo casarão, que pertenceu à Helena de Assumpção de Assumpção, o Museu Histórico que integra o Instituto Nacional Brasileiro Senador Joaquim Augusto de Assumpção, retratando uma época áurea da cidade de Pelotas.

Todos os bens culturais foram doaos ao Instituto Nacional Brasileiro Senador Joaquim Augusto de Assumpção pelas famílias Assumpção e Gertum, especificamente pelas senhoras Helena Assumpção de Assumpção e Maria Leocádia Assumpção Gertum. Com a abertura do Museu, ser acervo foi ampliado com outras doações de famílias pelotenses, que guardavam objetos e documentos a respeito das famílias Assumpção e Gertum. Dada a importância que o Museu adquiriu em todo o Rio Grande do Sul, no ano de 2004, o escritor Felipe Assumpção Gertum emprestou a Granja Santa Helena para sediar o Museu, local onde começou a funcionar.