Criado em 1965 para preservar as imagens e objetos litúrgicos da Igreja que estavam fora de uso, o Museu Nacional São José de Anchieta tem como objetivos principais a preservação dos seus bens patrimoniais e da memória da aldeia de missão jesuítica de Reritiba, entre as mais antigas do Brasil. O acervo, constituído por bens móveis, bem como pela área edificada, composta originalmente pela Igreja de Nossa Senhora da Assunção e pela residência possui programa pedagógico  próprio, voltado para o estudo sistematizado e reflexivo sobre a vida e a obra de São José de Anchieta, bem como para a importância da educação patrimonial e cultural a partir do conjunto museológico.

Até 1997, o museu funcionava na sala ao lado da atual sacristia, por baixo do cubículo ou quarto de São José de Anchieta. Aí foram postas a descoberto parte das fundações da primeira sacristia que fora totalmente demolida. Em 2001, esta sala passou a abrigar a Capela do Santíssimo.

Durante a campanha das escavações arqueológicas e da restauração do Monumento Nacional realizada pelo IPHAN – Instituto Patrimônio Histórico e Artístico Nacional -, ocorrida nos anos de 1994 a 1997, o atual pátio interno da residência passou por um processo de estudo arqueológico. Com ele foi posto a descoberto o sítio arqueológico das alas residênciais sul e oeste, dos séculos XVI e XVII destruídas na 2ª metade do século XIX para ampliação do Cemitério Municipal. Nele foram encontrados, em diferentes estratos, objetos utilitários e ossadas pertencentes a várias épocas.

As escavações arqueológicas contribuíram para a transferência do  Museu Nacional São José de Anchieta para o andar térreo da antiga Residência dos Jesuítas, a fim de agregar à sua temática os vestígios arqueológicos do monumento e seu entorno.

O projeto museológico e museográfico é composto por três salas para visitação, anexadas ao sítio arqueológico e pelo templo, com seu Coro e Torre sineira com zimbório, além do cubículo onde viveu e morreu o Apóstolo do Brasil. Podem ser apreciadas na primeira sala várias peças de arte sacra de diferentes séculos e estilos. Na sala dois revisita-se a arqueologia e a importante figura do padre Diogo Fernandes, antigo superior da residência e famoso sertanista. Na sala três, denominada Sala Padre Anchieta, podem ser encontra-se o material relativo à sua vida, obras e carisma, bem como documentos do seu processo de canonização. Completam a exposição, na varanda do pátio, algumas peças indígenas avulsas pertencentes ao Santuário.