Criado pela Lei Estadual nº 5.476, de 4 de outubro de 1978, o Museu Histórico de Santa Catarina (MHSC) teve sua abertura na Casa da Alfândega, em Florianópolis, realizada em 2 de março de 1979, conforme termo de abertura assinado pelo Secretario da Educação e Cultura, Professor Márcio Cesar Moraes.

A mudança efetiva da Alfândega para o Palácio Cruz e Sousa ocorreu antes mesmo que a lei que transferia o MHSC para a nova casa fosse sancionada: “No dia 5 de dezembro de 1986 ocorreu a solenidade em que o governador Esperidião Amin sancionou a lei que transferia definitivamente o MHSC e o IHGSC para o Palácio Cruz e Sousa”. (BRUHNS, 2010, p 143.), Na Lei n. 6.900, de 5 de dezembro de 1986, o Palácio passa aos cuidados do MHSC. (SOUSA, 2004, p 74.).